Η UNESCO έχει καθιερώσει τον θεσμό των Μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς, με σκοπό να προωθήσει την αναγνώριση, προστασία και διατήρηση της πολιτιστικής και φυσικής κληρονομιάς, η οποία έχει σημαντική αξία για τον άνθρωπο. Πρόκειται για μνημεία, ομάδες κτισμάτων και χώρων με ιστορική, αισθητική, αρχαιολογική, επιστημονική, εθνολογική ή ανθρωπολογική αξία.
Το Πυθαγόρειο Σάμου και το Ηραίο έχουν ενταχθεί από το 1992 στη λίστα των συνολικά 17 ελληνικών Μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς.
Στο Ηραίο της Σάμου βρίσκονται τα ερείπια του ομώνυμου ναού της αρχαιότητας, ο οποίος ήταν αφιερωμένος στην Ήρα. Χαρακτηριστική εικόνα από το Ηραίο είναι η μια και μοναδική κολώνα που παραμένει όρθια. Η περιοχή του Ηραίου ήταν αρχαιότατος τόπος θρησκευτικής λατρείας, κάτι που φαίνεται από το γεγονός ότι στην περιοχή υπάρχουν ερείπια από τουλάχιστον 4 ναούς. Ο Ηρόδοτος αναφέρει ότι το Ηραίο της Σάμου ήταν ο μεγαλύτερος ναός στην Ελλάδα.
Στη θέση του Πυθαγορείου στην αρχαιότητα βρισκόταν η αρχαία πόλη της Σάμου. Το λιμάνι του σημερινού οικισμού ταυτίζεται με το λιμάνι της αρχαίας πόλης, το οποίο ο Ηρόδοτος το περιγράφει ως ένα από τα θαυμαστά έργα του νησιού και θεωρείται το αρχαιότερο τεχνητό λιμάνι της Μεσογείου. Τα ερείπια των ελληνικών ρωμαϊκών μνημείων και το εντυπωσιακό «Ευπαλίνειο όρυγμα» αποτελούν αξιομνημόνευτα μνημεία που ο καθένας θα έπρεπε να επισκεφτεί, κατά τη διάρκεια των διακοπών του στη Σάμο.
Η αρχαία Σάμος (Πυθαγόρειο) εθεωρείτο μία από τις σημαντικότερες πόλεις της αρχαιότητας. Τόσο σε αυτήν όσο και στο χώρο του Ηραίου, τα παλαιότερα αρχαιολογικά ευρήματα χρονολογούνται στην 4η χιλιετία π.Χ. Η περίοδος της ακμής της Σάμου τοποθετείται χρονικά στα μέσα του 6ου αι. π.Χ. Το νησί ήταν μεγάλη ναυτική δύναμη και απέκτησε εμπορικές σχέσεις με τη γειτονική Μικρά Ασία και τις Μεσογειακές χώρες.
